Pendahuluan: Karies gigi merupakan permasalahan kesehatan yang umum diderita masyarakat Indonesia. Penyebab utama kerusakan gigi berasal dari pengonsumsian makanan manis dan asam berlebihan yang memicu respon aktif bakteri. Salah satu tindakan preventif yang dapat dilakukan berupa pengaplikasian topical application. Bahan alam yang berpotensi sebagai kandidat pelindung permukaan gigi adalah madu kelulut. Keunggulannya, yaitu bersifat antibakteri, mampu melekat lebih kuat tanpa merusak dan memutihkan gigi, meningkatkan saliva serta pH. FTIR merupakan instrumen penentu karakterisasi kimiawi gel madu kelulut sebagai kandidat pelindung permukaan gigi melalui gugus fungsi dan indeks kristalinitas. Tujuan penelitian untuk mengetahui perbedaan gel madu kelulut sebagai kandidat pelindung permukaan gigi melalui gugus fungsi dan indeks kristalinitas. Metode: Jenis penelitian berupa eksperimental murni dengan post – test only control group design menggunakan FTIR ATR Bruker Alpha II dan software origin. Sebanyak 35 gigi dikelompokan menjadi 7 kelompok dengan perlakuan berupa olesan gel madu kelulut 10%, 12,5%, 15%, madu kelulut murni, gel CMC Na 3,5% + baking soda 10 gr, kontrol positif dan gigi tanpa olesan. Analisis data menggunakan uji ANOVA post-hoc test games-howell. Hasil: Gel madu kelulut 10%, 12,5% dan 15% ditemukan gugus fungsi O-H stretching (3304, 3288, 3289 cm-1); C=O stretching (1640, 1641, 1640 cm-1); C-H bending (1370, 1371, 1373 cm-1) serta C-O stretching (1028, 1024 dan 1020 cm-1). Elusidasi senyawa kimia yang terbentuk adalah carboxylic acid. Nilai indeks kristalinitasnya sebesar 86,14%, 86,60% dan 87,88%. Simpulan: Gel madu kelulut 10%, 12,5 dan 15% terbukti sebagai kandidat pelindung permukaan gigi.