Malaria merupakan salah satu permasalahan kesehatan masyarakat yang dapat menyebabkan kematian pada kelompok risiko tinggi yaitu bayi, anak balita, dan ibu hamil. Selain itu malaria secara langsung menyebabkan anemia dan dapat menurunkan produktivitas kerja. Malaria masih menjadi perhatian dunia dan merupakan masalah kesehatan masyarakat di Provinsi Kalimantan Timur setiap tahunnya. Pemetaan tingkat risiko penyakit terhadap suatu wilayah merupakan salah satu upaya pencegahan dan pengendalian untuk mengurangi kasus Malaria. Penelitian ini bertujuan untuk memetakan dan menganalisis secara spasial kasus Malaria berdasarkan faktor epidemiologi dan geografis menggunakan metode Sistem Informasi Geografis (SIG) berdasarkan parameter kepadatan penduduk, ketersedian sarana kesehatan, rasio tenaga kesehatan, dan faktor ketinggian suatu daerah. Jenis penelitian menggunakan penelitian deskriptif dengan pendekatan geographical epidemiology. Pengambilan sampel menggunakan total sampling population yaitu 10 Kabupaten/Kota di Provinsi Kalimantan Timur. Jenis data adalah data sekunder dengan pengolahan data menggunakan aplikasi Sistem Informasi Geografis. Hasil penelitian distribusi kasus Malaria tertinggi terdapat di Kabupaten Panajam Paser Utara. Tingkat risiko tinggi Malaria terdapat di wilayah Kabupaten Panajam Paser Utara, Kota Balikpapan, Kota Samarinda, dan Kota Bontang. Tingkat risiko sedang Malaria terdapat di wilayah Kabupaten Kutai Timur dan Kabupaten Paser. Tingkat risiko rendah Malaria terdapat di wilayah Kabupaten Mahakam Ulu, Kabupaten Kutai Kartanegara, Kabupaten Kutai Barat dan Kabupaten Berau. Keterlibatan komunitas dan pemberdayaan masyarakat sangat diperlukan untuk mengurangi angka kejadian Malaria dan peningkatan keterampilan tenaga kesehatan masyarakat dalam manajemen kejadian kasus Malaria.