Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pengaruh Implementasi Rekam Medis Elektronik (RME) dan Kualitas Sistem terhadap Kualitas Pelayanan Kesehatan dengan Clinical Workflow sebagai variabel mediasi. Penelitian ini menggunakan metode kuantitatif dengan analisis Partial Least Squares-Structural Equation Modeling (PLS-SEM) dan melibatkan 300 responden dari tenaga kesehatan di Puskesmas Kota Balikpapan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Implementasi Rekam Medis Elektronik (RME) secara signifikan memengaruhi Clinical Workflow, sementara Kualitas Sistem memiliki pengaruh signifikan terhadap Clinical Workflow dan Kualitas Pelayanan Kesehatan. Selain itu, Clinical Workflow terbukti menjadi mediator yang signifikan dalam memperkuat hubungan antara Implementasi Rekam Medis Elektronik (RME) dan Kualitas Sistem terhadap Kualitas Pelayanan Kesehatan. Temuan ini menegaskan pentingnya Clinical Workflow yang efektif sebagai penghubung antara teknologi dan pelayanan berkualitas di fasilitas kesehatan. Penelitian ini memberikan implikasi teoritis dalam pengembangan literatur teknologi kesehatan serta rekomendasi manajerial untuk optimalisasi alur kerja dan penerapan teknologi.