Tujuan penelitian adalah untuk mengkaji jenis, kelimpahan dan keanekaragaman ichthyofauna, mengukur kualitas faktor fisika dan kimia perairan yang memengaruhi keberadaan ichthyofauna di Waduk Manggar serta mengidentifikasi status ichthyofauna yang tertangkap pada lokasi penelitian. Penelitian dilakukan pada bulan Mei - Juni 2024 dan proses identifikasi ichthyofauna di Laboratorium Hydro Oseanografi Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Mulawarman. Pengambilan sampel ichthyofauna menggunakan metode purposive random sampling. Ichthyofauna yang berhasil ditangkap dan diidentifikasi dikelompokkan kedalam 6 famili, 9 genus dan 10 species dari ichthyofauna yang berhasil dikumpulkan berjumlah 33.015 ekor. Indeks keanekaragaman jenis (H’) sebesar 1,216. Indeks keanekaragaman tertinggi dijumpai di lokasi stasiun km 15 (1,239) dan terendah di stasiun km 23 (0,761). Indeks keseragaman sebesar 0,528 masuk kategori sedang. Indeks dominansi sebesar 0,346, ini artinya masuk kategori sedang, jadi tidak ada yang mendominasi. Kelimpahan relatif tertinggi adalah ichthyofauna wader (Barbodes strigatus) dengan angka kelimpahan rata-rata pada tiga stasiun yaitu 46,39%. Parameter fisika dan kimia perairan masih berada dalam ambang batas yang dapat ditolerir biota akuatik seperti ichthyofauna yang hidup di perairan Waduk Manggar. Sebagian besar jenis ichthyofauna yang ditemukan atau ditangkap di Waduk Manggar secara nasional statusnya tidak ada yang dilindungi, kecuali ichthyofauna belida jawa (Notopterus notopterus). Dari standar internasional seluruh jenis ichthyofauna di Waduk Manggar masuk kategori Least Concern (LC) atau beresiko rendah menurut IUCN, dan masuk kategori Not Evaluated (belum dievaluasi) menurut CITES.