Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kandungan senyawa metabolit sekunder dan potensi antibakteri dari ekstrak n-heksan, etil asetat dan metanol spons Cliona sp. dan Hyrtios violaceus. Ekstraksi dilakukan dengan metode maserasi menggunakan pelarut n-heksana, etil asetat dan metanol. Pengujian senyawa metabolit sekunder meliputi uji alkaloid, saponin, fenol, tanin, flavonoid, steroid dan terpenoid. Uji aktivitas antibakteri menggunakan metode difusi agar modifikasi. Hasil uji fitokimia menunjukkan bahwa ekstrak etil asetat spons Cliona sp. mengandung senyawa metabolit sekunder berupa alkaloid, fenol, dan tanin, sedangkan ekstrak metanol mengandung alkaloid, saponin, dan fenol. Sementara itu, ekstrak etil asetat spons Hyrtios violaceus menunjukkan kandungan senyawa metabolit sekunder berupa alkaloid, steroid, dan terpenoid, serta ekstrak metanol positif mengandung alkaloid, saponin, dan flavonoid. Uji antibakteri ekstrak metanol dan etil asetat dari Cliona sp. pada konsentrasi 10 mg/mL memiliki aktivitas antibakteri terhadap Staphylococcus aureus dengan nilai zona hambat sebesar 16,3 mm dan 10,6 mm sedangkan 14,3 mm dan 13,3 mm merupakan zona hambat terhadap Propionibacterium acnes. Ekstrak metanol dan etil asetat dari Hyrtios violaceus menunjukkan aktivitas antibakteri dengan zona hambat sebesar 10,6 mm dan 16,3 mm terhadap Staphylococcus aureus sedangkan 12,3 mm hingga 13,3 mm merupakan zona hambat terhadap Propionibacterium acnes. Nilai MIC dari kedua ekstrak terhadap bakteri uji yaitu 0,3125 mg/mL yang termasuk daya hambat sangat baik dan unggul. Oleh karena itu, kedua ekstrak dari kedua spons tersebut memilik potensi aktibakteri terhadap kedua bakteri yang umum ditemukan pada kulit manusia.