Penamaan desa yang terdapat di Kepulauan Sebatik mempunyai keunikan dan ceritanya tersendiri karena berkaitan kebiasaan, nilai, dan budaya yang dialami oleh masyarakat yang mendiami suatu tempat. Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan bentuk dan makna pada toponimi penamaan desa di Kepulauan Sebatik serta nilai budaya dalam toponimi penamaan desa di Kepulauan Sebatik. Penelitian ini merupakan penelitian lapangan dengan menggunakan pendekatan deskriptif kualitatif. Data dalam penelitian ini berupa tuturan yang diucapkan oleh informan melalui proses wawancara. Sumber data dalam penelitian ini diperoleh dari tiga belas narasumber yang berasal dari Kepulauan Sebatik Kabupaten Nunukan. Metode pengumpulan data menggunakan metode wawancara, observasi, catat, rekam, dan dokumentasi. Analisis data yang digunakan dalam penelitian ini menggunakan analisis deskriptif dengan metode agih. Penelitian ini menunjukkan bahwa berdasarkan bentuk dan makna pada toponimi penamaan desa secara lingual morfem terikat dan komposisi dengan pemaknaan sesuai dengan proses pembentukannya, yaitu aspek perwujudan, kemasyarakatan, dan kebudayaan. Aspek perwujudan paling dominan karena nama-nama desa sangat terkait dengan lingkungan alam dan geografisnya. Kedua penelitian ini menemukan tiga nilai budaya, yaitu hubungan manusia dengan alam, hubungan manusia dengan masyarakat, hubungan manusia dengan diri sendiri. Nama-nama desa di Kepulauan Sebatik dipengaruhi oleh kondisi geografis dan nilai budaya masyarakat, dengan fokus utama pada hubungan harmonis antara manusia dan alam.