Sungai Mahakam bagian hilir merupakan salah satu sungai yang menjadi sumber penghidupan masyarakat dan jalur lalu lintas kapal. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui sebaran konsentrasi klorofil-a, parameter fisika dan kimia perairan serta faktor-faktor yang mempengaruhinya. Penelitian dilaksanakan pada bulan November 2023 di Sungai Mahakam bagian hilir dengan
metode purposive sampling di 3 segmen sebanyak 9 titik pengambilan sampel. Data primer diperoleh dari pengukuran in situ dan ex situ yaitu suhu, kecerahan, kecepatan arus, TSS, pH, DO dan salinitas. Hasil penelitian menunjukkan bahwa konsentrasi klorofil-a berkisar antara 0-0,1028 mg/m3 dengan rata-rata 0,01907 mg/m3. Hasil pengukuran parameter pendukung diperoleh rata-rata; suhu (28,3 ºC), kecerahan (0,206 m), TSS (40,16 mg/L), kecepatan arus (0,38 m/s), pH (6,69) dan DO (3,13 mg/L). Hasil uji Kruskal-wallis yang didapatkan sebesar nilai H yaitu 0,113 dan sig 0,945 atau > 0,05. Artinya tidak ada perbedaan antara segmen berdasarkan parameter fisika dan kimia yang terdapat di Sungai Mahakam bagian hilir (Downstream).