Identifikasi molekuler adalah proses mengenali spesies dengan cara memeriksa struktur kimianya, yakni urutan nukleotida dalam DNA. DNA barcoding merupakan teknik identifikasi menggunakan sekuen DNA yang berukuran pendek, guna mempercepat dan mempermudah proses identifikasi spesies. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pemanfaatan DNA barcoding sebagai metode efektif dalam penentuan jenis Udang sampel 6 dan sampel 12 yang berasal dari perairan Samboja Kabupaten Kutai Kartanegara. Penelitian ini dilakukan dengan mengumpulkan sampel Udang dari Perairan Samboja, kemudian dilakukan ekstraksi DNA di Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Mulawarman. DNA murni hasil ekstraksi tersebut kemudian diamplifikasi menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR), setelah itu purifikasi menggunakan Ampure XP untuk memastikan bahwa DNA yang dihasilkan bersih dan bebas dari kontaminan sehingga bisa dilanjutkan ke proses sekuensing. Sekuensing DNA dilakukan di Firstbase Malaysia untuk memperoleh data urutan nukleotida, kemudian dianalisis menggunakan aplikasi Moleculer Evolutionary Genetic Analysis (MEGA) versi 11. Hasil sekuen dibandingkan dengan sekuen yang ada di database National Center for Biotechnology Information (NCBI) menggunakan Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). Hasil penelitian menyatakan bahwa sampel 6 adalah (Penaeus merguiensis) atau Udang Putih dengan persentase kesesuaian 99,76% dan sampel 12 adalah (Penaeus semisulcatus) atau Udang Bunga dengan persentase kesesuaian 100%. Efektivitas DNA Barcoding mampu membedakan spesies yang morfologinya mirip.