Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi tiga spesimen udang yang tertangkap di Perairan Samboja Kabupaten Kutai Kartanegara dengan menggunakan dua metode identifikasi yaitu dengan metode identifikasi morfologi dan metode DNA barcoding dengan kode spesimen 1, 2 dan 3. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah identifikasi morfologi melalui pengamatan visual menggunakan buku pedoman identifikasi Saputra 2008 serta identifikasi DNA barcoding menggunakan primer untuk crustacea yaitu primer forward AF286 (5’-TCTAACAAAYCATAAAGAYATYGG-’3) dan primer reverse AF287 (5’- GTGGCRGANGTRAARTARGCTCG-‘3. Hasil identifikasi morfologi menunjukkan hasil untuk spesimen 2 adalah spesies udang Metapenaeus eboracensis, spesimen 3 adalah spesies udang Metpaenaeopsis palmensis, dan spesimen 11 adalah spesies udang Metapenaeopsis barbata sedangkan hasil identifikasi dengan DNA barcoding didapatkan hasil yaitu pada spesimen 1adalah spesies udang Metapenaeus brevicornis, spesimen 2 adalah spesies udang Metapenaeopsis palmensis, dan spesimen 3 adalah spesies udang Metapenaeopsis stridulans. Analisis pohon filogenetik dan jarak genetik menunjukkan hubungan kekerabatan antara ketiga spesimen yang berasal dari Samboja dan spesimen yang berasal dari negara lain yang terdapat dalam database. Metapenaeus brevicornis asal Samboja memiliki kekerabatan yang dekat dengan Metapenaeus brevicornis asal Demak dan Bangladesh, untuk Metapenaeopsis palmensis asal Samboja memiliki kekerabatan dengan Metapenaeopsis palmensis asal Taiwan sedangkan Metapenaeopsis stridulans asal Samboja memiliki kekerabatan yang dekat dengan Metapenaeopsis stridulans asal India.