Miskonsepsi adalah suatu keadaan dimana konsep yang dipahami oleh seseorang berbeda dengan teori yang ada atau pendapat para ahli/pakar. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui gambaran dan sumber miskonsepsi pada mahasiswa Program Studi Sarjana Pendidikan Kimia FKIP Universitas Mulawarman pada materi struktur atom. Jenis penelitian ini adalah mixed method dengan desain sequential explanatory. Populasi penelitian ini adalah seluruh mahasiswa Program Studi Sarjana Pendidikan Kimia FKIP Universitas Mulawarman. Sampel penelitian ini diperoleh dengan purposive sampling untuk penelitian kuantitatif, dan snowball sampling untuk penelitian kualitatif. Teknik yang digunakan di dalam penelitian ini adalah teknik uji diagnostik menggunakan Four-Tier Diagnostic Test untuk penelitian kuantitatif dan teknik wawancara untuk penelitian kualitatif. Data kuantitatif hasil uji diagnostik Four-Tier diolah dengan rumus persentase, kemudian dikelompokkan sesuai dengan tingkat pemahaman yang dialami mahasiswa. Hasil akhir diperoleh persentase miskonsepsi dari konsep perkembangan teori atom, konfigurasi elektron kulit, orbital atom, konfigurasi elektron subkulit, dan bilangan kuantum berturut-turut adalah 29,7%; 29%; 14,7%; 33,3%; dan 8,18%. Hasil wawancara yang telah dilakukan memberikan hasil bahwa miskonsepsi dapat bersumber dari buku, video, pengajar, dan diri mahasiswa itu sendiri.