Pantai Tanah Merah merupakan wilayah pesisir Samboja di Kalimantan Timur, yang menjadi destinasi wisata lokal. Asosiasi ekosistem pesisir dapat ditunjukkan oleh Makrozoobentos, sebagai salah satu komponen biota di wilayah perairan. Penelitian ini mengidentifikasi jenis, menghitung kelimpahan, dan menganalisis indeks ekologi makrozoobentos, serta melihat hubungan antara nutrien dan tekstur sedimen dengan banyaknya Makrozoobentos yang ditemukan. Pengambilan sampeldilakukan pada tiga titik berdasarkan persen tutupan kanopi mangrove pada aplikasi Monmang versi 2.0, dengan tiap titiknya diwakili oleh 3 kuadran titik berukuran 0,25 m2. Hasil penelitian menemukan kelas Gastropoda dengan 9 spesies dan kelas Bivalvia dengan 2 spesies pada wilayah tutupan kanopi rendah hingga sedang. Indeks Keanekaragaman (H’) rata-rata adalah 0.236 berkategori rendah, indeks Keseragaman (E) rata-rata adalah 0.198 berkategori rendah, dan indeks dominasi (C) sebesar 0.902 yang menunjukkan adanya dominansi dari spesies Cerithidae cingulata. Kelimpahan rata-rata Makrozoobentos tertinggi-terendah ditemukan pada radius 2, radius 3 dan radius 1 seiring dengan persen tutupan kanopi mangrove tertinggi-terendah. Analisis korelasi dengan regresi polinomial terhadap kandungan nutrien dalam sedimen dengan kelimpahan Makrozoobentos menunjukkan nilai determinasi 100% untuk Nitrat, Fosfat dan Karbon Organik, tetapi nilai korelasi rendah pada nitrat, sangat kuat pada fosfat, kuat pada karbon organik, tetapi nilai signifikansinya tidak signifikan untuk semua jenis nutrien.