Meyli Anisa, 2024. Perbandingan Pendekatan Morfologi dan Molekuler untuk Identifikasi Jenis Udang yang Berasal dari Perairan Samboja Kabupaten Kutai Kartanegara (Dibimbing oleh Muhammad Syahrir R. dan Dewi Embong Bulan).

Banyaknya spesies udang yang mirip secara morfologi serta persebaran spesies udang yang luas dapat menyebabkan kesalahan dalam identifikasi morfologi. Identifikasi spesies secara molekuler dengan metode DNA barcoding telah
banyak digunakan dan dikembangkan karena dapat mengidentifikasi spesies dengan akurat. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi morfologi dan molekuler udang yang berasal dari Perairan Samboja, serta mengetahui hubungan filogenetik jenis udang yang berasal dari Perairan Samboja dengan sekuens sampel udang dari perairan lain. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Desember 2023 - Maret 2024 dengan menggunakan sampel 15 ekor udang tiap jenisnya yang berasal dari Perairan Samboja Kabupaten Kutai Kartanegara. Proses identifikasi jenis udang secara morfologi menggunakan buku pedoman identifikasi udang, sedangkan identifikasi secara molekuler melalui tahapan
ekstraksi dan isolasi DNA, amplifikasi DNA, dan sekuensing. Hasil sekuens dari ketiga sampel dibandingkan dengan sekuens yang ada di database National Center for Biotechnology Information (NCBI) menggunakan Basic Local
Alignment Search Tool (BLAST). Rekonstruksi pohon filogenetik udang menggunakan metode neigbhor joining dalam program Molecular Evolutionary Genetic Analysis (MEGA) versi 11. Terdapat tingkat kemiripan sampel 1 dengan spesies Mierspenaeopsis hardwickii sebesar 91,52%, sampel 2 merupakan Mierspenaeopsis sculptilis dengan kemiripan 99,76%, dan udang sampel 3 merupakan Solenocera crassicornis dengan kemiripan 99,65%. Analisis pohon
filogenetik dan jarak genetik menunjukkan hubungan kekerabatan yang dekat antara sekuens udang Mierspenaeopsis sculptilis yang berasal dari Perairan Samboja dan sekuens dari Perairan Taiwan serta sekuens udang Solenocera crassicornis yang berasal dari Perairan Samboja dan sekuens dari Perairan India.