Salah satu penghasil Udang windu (P. monodon) di Indonesia adalah Kalimantan Timur, dan dengan luasan pesisir yang besar menjadi potensi yang mendukung peningkatan produksi. Masyarakat di Kabupaten Muara Badak membudidayakan udang windu dengan pola silvofishery dan non silvofishery. Silvofishery adalah model tambak beasosiasi dengan pohon mangrove. seperti diketahui, bahwa daun, buah, batang pohon mangrove memiliki kandungan antibacterial yang tinggi seperti flavonoid dan alkaloid. Tidak hanya itu, serasah mangrove dan akar mangrove dapat menjadi nutrien bagi kesuburan perairan. sehingga dalam penelitian ini akan mengevaluasi total bakteri dalam udang windu yang dipelihara pada 2 model tambak berbeda, yaitu tambak silvofishery dan non silvofishery. Lokasi kedua tambak tersebut berada di Desa Salo Sumbala, Kecamatan Muara Badak, Kabupaten Kutai Kartanegara. Penelitian ini dilakukan dengan mengambil sebanyak 10 ekor udang windu setiap 10 hari hingga hari ke 30. Pengamatan dilakukan dengan menghitung total bakteri menggunakan media PCA plus NaCl 3 % dan total bakteri vibrio yang ditumbuhkan pada media TCBSA plus NaCl 3%. Organ udang yang diambil untuk diamati berupa insang dan usus. Pemeriksaan sampel dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi dan Bioteknologi Akuakultur Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Mulawarman. Hasilanalisis menunjukkan bahwa total bakteri pada udang yang dipelihara di tambaknon silvofishery menunjukkan hasil kepadatan bakteri yang lebih rendah, yaitu dari organ insang sebesar (1,47±0,42 sampai dengan 1,99±0,61×10⁵ CFU/mL) dan usus (1,63±0,17 sampai dengan 3,42±1,09×10⁵ CFU/mL), dibandingkan dengan tambak silvofishery dari organ insang (1,98±0,70 sampai dengan 4,10±2,47×10⁵ CFU/mL), dan usus (1,78±0,80 sampai dengan 2,95±2,05×10⁵ CFU/mL). Namun total bakteri Vibrio sp. pada udang windu yang dipelihara pada tambak non silvofishery lebih tinggi, organ insang (1,58±0,26 sampai dengan 3,20±0,02×10⁴ CFU/mL) dan usus (1,60±0,18 sampai dengan 2,87±0,06×10⁴ CFU/mL), dari pada udang windu yang dipelihara pada tambak silvofishery dengan total dariinsang (1,25±0,30 sampai dengan 2,34±1,41×10⁴ CFU/mL), dan usus (1,68±0,74 sampai dengan 2,31±0,34×10⁴ CFU/mL). Parameter suhu, DO, pH dan salinitas tidak memiliki perbedaan namun pada nilai ammonia tambak silvofishery lebih rendah dibandingkan pada tambak non silvofishery. Kesimpulannya adalah udang windu yang dipelihara di tambak pola silvofishery memiliki total bakteri Vibrio sp. lebih rendah namun memiliki total bakteri dalam usus lebih tinggi dibandingkan dengan udang yang dipelihara di tambak non silvofishery. Pengelolaan tambak silvofishery mampu menakan nilai ammonia lebih rendah dari tambak non silvofishery. Dengan kata lain pengelolaan tambak silvofishery dapat menekan bakteri patogen pada udang dan menjaga kandungan ammoniak tetap normal.