Udang merupakan komoditi unggul di sektor perikanan serta menjadi spesies penting secara komersial. Selain memiliki nilai ekonomis tinggi, mereka juga memiliki keragaman yang sangat banyak serta ukuran yang beragam. Tujuan
penelitian ini adalah mengkaji keragaman genetik spesies udang dari Genus Metapenaeus yang berasal dari Perairan Samboja Kutai Kartanegara dengan marker COI sebagai DNA barcoding. Berdasarkan hasil analisis morfologi ketiga
sampel udang merupakan spesies Metapenaeus monoceros, Metapenaeus lysianassa dan Metapenaeus affinis. Proses identifikasi secara molekuler dilakukan melalui tahapan ekstraksi DNA menggunakan Dneasy Blood and Tissue Kit. Amplifikasi DNA menggunakan primer forward AF286 dan primer revers AF287, sekuensing DNA menggunakan jasa sekuensing di 1st Base Malaysia, serta analisis hasil sekuensing menggunakan software MEGA XI. Hasil identifikasi molekuler terkonfirmasi bahwa ketiga spesies tersebut adalah Megokris pescadoreensis, Metapenaeus lysianassa, dan Metapenaeus affinis dengan nilai presentase homologi atau identitas sebesar 98% hingga 99% (identik).