Kualitas air sungai di suatu daerah sangat dipengaruhi oleh aktifitas manusia. Sungai Rapak Dalam yang merupakan salah satu bagian anak sungai Mahakam di Kota Samarinda, Kalimantan Timur, yang diduga mengalami penurunan kualitas air (fisika, kimia, dan biologi air) akibat beragam aktivitas manusia salah satunya berupa pemukiman. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kualitas air dan menentukan status air di Sungai Rapak Dalam berdasarkan hasil perhitungan indeks pencemaran. Pengambilan sampel dilakukan di tiga lokasi (hulu, tengah, dan hilir) hulu merupakan daerah dengan tutupan tanaman campuran dan kegiatan rumah tangga dengan intensitas rendah. Tengah merupakan daerah dengan aktivitas penambangan sirtu (pasir dan batu) dan kegiatan rumah tangga dengan intensitas sedang. Bagian hilir intensitas aktivitas manusia yang tinggi, pemukiman yang lebih padat penduduk, terdapat kegiatan rumah tangga, dan industri tenun lokal. Hasil perhitungan indeks pencemaran yang diperoleh berfungsi untuk mengetahui tingkat pencemaran air yang terjadi di Sungai Rapak Dalam Kota Samarinda Berdasarkan Keputusan Menteri Lingkungan Hidup No 115 Tahun 2003 tentang Pedoman Penentuan Status Mutu Air. Pengujian sampel air dilakukan di Laboratorium Kualitas Air, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan serta Laboratorium Mikrobiologi, Fakultas Pertanian, Universitas Mulawarman. Parameter kualitas air yang diukur dan diuji yaitu, Suhu, TSS, pH, COD, BOD, Amonia, serta E. coli. Kualitas air di Sungai Rapak Dalam Kota Samarinda masih memenuhi baku mutu air limbah domestik pada parameter TSS, pH, COD,BOD dan Amonia. Bagian tengah dan hilir mengandung bakteri E. coli, namun jumlah yang terkandung dalam air tersebut masih sangat rendah dan tidak melebihi batas maksimal baku mutu air limbah domestik. Perlu adanya pemantauan atau monitoring secara berkala oleh pihak terkait untuk mengetahui kondisi air yang berada di kawasan Sungai Rapak Dalam Kota Samarinda dan evaluasi terhadap kegiatan masyarakat di sekitar sungai.