Thania Fathimah Az Zahra. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Mulwarman, 2023. Molecular Docking Senyawa Naftokuinon dan Turunannya dari Bawang Dayak (Eleutherine palmifolia (L.) Merr.) sebagai Kandidat Antivirus SARS-CoV-2. Dibimbing oleh Imam Rosadi, M.Si dan Viol Dhea Kharisma, M.Si.Bawang dayak (Eleutherine palmifolia (L.) Merr.) merupakan tanaman yang dimanfaatkan oleh Suku Dayak untuk mengobati berbagai macam penyakitkarena di dalam umbinya diketahui mengandung beberapa senyawa metabolit sekunder, salah satunya yaitu naftokuinon dan turunannya yang bermanfaat sebagai antivirus. SARS-CoV-2 merupakan virus penyebab penyakit COVID-19yang tersusun atas protein struktural, protein non struktural, dan protein aksesoris. Berdasarkan hal tersebut, dilakukanlah penelitian mengenai senyawa naftokuinon dan turunannya dalam bawang dayak yang disimulasikan dengan protein SARS-CoV-2.Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ikatan terbaik beserta binding affinity yang terbentuk dan perbandingan nilainya dengan senyawa kontrol. Simulasi dilakukan dengan molecular docking menggunakan AutoDock Vina dan Open Babel yang terintegrasi dalam perangkat lunak PyRx – Python Prescription 0.8. Senyawa yang digunakan dalam penelitian ini yaitu Elecanacin, Eleutherin, Eleutherol, Eleutherinol, Eleutherinoside A, Isoeleutherol, dan Isoeleutherin sedangkan protein SARS-CoV-2 yang digunakan yaitu Protein S, Protein N, Protein E, NSP3 atau PLpro, NSP5 atau Mpro, dan Kompleks NSP12-NSP7-NSP8 atau RdRp. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa ikatan terbaik yang terbentuk dalam molecular docking antara senyawa naftokuinon dan turunannya dalam bawang dayak dengan protein SARSCoV-2 yaitu Protein S dengan Eleutherinoside A yang memiliki binding affinity -8.9 kkal/mol, Protein N dengan Eleutherinoside A yang memiliki binding affinity -9.0 kkal/mol, Protein E dengan Eleutherinoside A yang memiliki binding affinity -7.9 kkal/mol, PLpro dengan Eleutherinoside A yang memiliki binding affinity -8.7 kkal/mol, Mpro dengan Eleutherinoside A yang memiliki binding affinity -8.0 kkal/mol, dan RdRp dengan Eleutherinoside A yang memiliki binding affinity -7.8 kkal/mol, sedangkan Hydroxychloroqouine yang merupakan kontrol untuk Protein S dan PLpro memiliki binding affinity sebesar -6 kkal/mol dan -6.3 kkal/mol; Remdesivir sebagai kontrol Protein N, Protein E, Mpro, dan RdRp memiliki binding affinity sebesar -8.9 kkal/mol, -8.2kkal/mol, -7.8kkal/mol, dan -7.7 kkal/mol sehinggaProtein S, Protein N, Protein E, PLpro, Mpro, dan RdRp yang masing-masing berikatan dengan Eleutherinoside A memiliki binding affinity yang lebih negatif daripada kontrol. Kesimpulan dari penelitian ini yaitu senyawa naftokuinon dan turunannya dalam bawang dayak berpotensi sebagai antivirus SARS-CoV-2.