Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi masalah pembelajaran siswa pada mata pelajaran Biologi, khususnya pada materi sistem pencernaan, di kelas XI SMA Negeri 2 Tenggarong Seberang pada tahun ajaran 2023/2024. Penelitian ini dilatarbelakangi oleh rendahnya pemahaman siswa terhadap materi sistem pencernaan, yang ditunjukkan oleh hasil post-test yang masih di bawah Kriteria Ketuntasan Minimal (KKM). Faktor-faktor penyebab kesulitan belajar ini meliputi kesulitan memahami konsep fisiologis yang bersifat abstrak dan tidak dapat diamati langsung. Metode penelitian yang digunakan adalah deskriptif kualitatif. Data dikumpulkan melalui angket yang mencakup soal-soal terkait kesulitan belajar serta faktor internal dan eksternal yang mempengaruhi pembelajaran siswa. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sebagian besar siswa mengalami kesulitan pada bagian materi tentang kelenjar dan enzim pencernaan. Selain itu, faktor internal seperti motivasi belajar dan faktor eksternal seperti metode pengajaran yang digunakan guru juga mempengaruhi tingkat pemahaman siswa. Penelitian ini memberikan manfaat bagi siswa, guru, dan orang tua dalam memahami faktor-faktor yang menghambat pembelajaran, serta memberikan referensi untuk peningkatan strategi pengajaran yang lebih efektif. Temuan ini diharapkan dapat menjadi acuan untuk tindakan preventif terhadap kesulitan pemahaman pada materi sistem pencernaan di masa mendatang.