Tanaman rambutan (Nephelium lappaceum L.) merupakan salah satu buah tropis yang memiliki kandungan gizi sangat tinggi dan keragaman yang tinggi di Indonesia. Rambutan memiliki nama genus Nephelium lappaceum L. dan termasuk dalam famili Sapindaceae. Untuk mengantisipasi erosi gen plasma nutfah tanaman rambutan, maka eksplorasi, identifkasi dan karakterisasi morfologi sangat diperlukan. Mengingat pentingnya peranan plasma nutfah dalam program pemuliaan tanaman, informasi tentang keragaman morfologi diperlukan untuk data fenotipe dan untuk mendukung program pemuliaan tanaman. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui spesies rambutan (Nephelium lappaceum L.) apa saja yang ditemukan di Kabupaten Kutai Kartanegara dan untuk mengetahui hubungan kekerabatan masing-masing aksesi yang terbentuk berdasarkan karakter morfologi. Pengambilan sampel tanaman rambutan dilakukan di lokasi tempat tumbuh di beberapa Kecamatan di Kabupaten Kutai Kartanegara. Pengambilan sampel dilakukan dengan cara purposive sampling menggunakan Metode Jelajah. Data yang diperoleh dianalisis secara kualitatif deskriptif dan secara kuantitatif, menggunakan metode taksonomi numerik (Analisis Klaster) dengan penggunaan software MVSP 3.1 untuk menghasilkan Dendogram dan Analisis Komponen Utama (PCA). Hasil penelitian mendapatkan 24 aksesi tanaman rambutan, yang dikarakterisasi dan dianalisis menggunakan 47 karakter morfologi. Hubungan kekerabatan tanaman rambutan di Kabupaten Kutai Kartanegara menunjukan bahwa terdapat dua kelompok besar yaitu kelompok A dan B. Kelompok A terdiri dari 4 aksesi dan kelompok B terdiri dari 20 aksesi. Hubungan kekerabatan terjauh terdapat pada aksesi 24 (Nephelium maingayi).