Pangan fungsional merupakan suatu istilah yang diberikan pada makanan atau minuman yang mengandung bahan-bahan yang diperkirakan dapat menigkatkan derajat kesehatan dan mencegah timbulnya penyakit. Salah satu produk pangan fungsional yang terkenal dijepang adalah natto. Natto merupakan makanan tradisional khas jepang tergolong makanan probiotik yang difermentasi dengan menggunakan bakteri bacillus subtilis var. natto. Tujuan umum dilakukannya penelitian ini yaitu untuk mengetahui kadar protein pada kacang kedelai, kacang merah dan kacang hijau, serta aktivitas natto sebagai antioksidan, dan penentuan kualitas terbaik natto yang diuji dalam bentuk natto yang telah difermentasi. Penelitian ini dilakukan dengan uji kadar protein dengan metode Kjeldahl dan uji aktivitas antioksidan dengan metode DPPH dari hasil fermntasi, selanjutnya dilakukan penentuan kualitas terbaik natto dengan uji organoleptik, uji kadar protein, kadar air dan uji aktivitas antioksidan. Analisis kadar protein menunjukkan natto yang memiliki kadar protein yang tinggi adalah kacang kedelai dengan nilai 9,60%. Dalam aktivitas antioksidan didapatkan nilai IC50 < 50 yaitu kacang merah sebesar 7,09 ppm dikarenakan memiliki aktivitas antioksidan yang sangat kuat. Pada penentuan kualitas terbaik natto dengan dilakukannya uji organoleptik, uji kadar protein, kadar air dan uji aktivitas antioksidan. Hasil organoleptik sesuai dengan literatur yaitu mempunyai aroma asam, rasa kacang, dan tekstur yang licin. Karena natto mempunyai bau yang agak apek yang khas dan penampilan berlendir, serta memiliki kadar air yang rendah sebesar 44%, kadar protein 8,39% dan aktivitas antioksidan dengan nilai IC50 yaitu 7,99 ppm. Sehingga dapat ditentukan kualitas terbaik natto dimiliki oleh natto kacang merah dibandingkan kacang kedelai dan kacang hijau.