Penelitian ini mendeskripsikan korelasi antara Undang-Undang (UU) Administrasi Pemerintahan dengan fungsi dan kewenangan Badan Pemeriksaan Keuangan (BPK) berdasarkan UU BPK, terkandung pertentangan norma beserta implementasinya dalam pemeriksaan dan penetapan kerugian negara terkait efektivitas pengawasan penyelenggaraan administrasi pemerintahan. Penelitian ini terbatas dalam menjawab permasalahan hukum terkait implikasi UU Administrasi Pemerintahan terhadap fungsi dan kewenangan BPK mengenai pemeriksaan dan penetapan kerugian negara, serta harmonisasinya dalam UU tersebut. Penelitian ini mengkaji UU Administrasi Pemerintahan dan UU BPK, menyoroti prinsip-prinsip administrasi, kepatuhan terhadap ketertiban administratif, implikasi hukum terhadap fungsi BPK, serta usulan harmonisasi regulasi antara kedua UU tersebut. Dalam penelitian ini digunakan pendekatan doctrinal untuk menganalisis pertentangan antara UU Administrasi Pemerintahan dengan UUD 1945 dan UU terkait, serta teori kewenangan dan konsepsi kerugian negara. Hasil penelitian menunjukkan bahwa implikasi UU Administrasi Pemerintahan terhadap fungsi pemeriksaan BPK menyebabkan limitasi kewenangan dalam menetapkan kerugian negara yang diakibatkan oleh disinkronisasi peraturan daerah, peraturan kepala daerah, dan keputusan dengan peraturan yang lebih tinggi sehingga terjadi penurunan nilai pemulihan kerugian negara oleh BPK, serta menimbulkan ketidakpastian hukum bagi penanggung jawab pemeriksaan dalam menyikapi hal tersebut, namun berimplikasi positif terhadap persentase penyelesaian tindak lanjut atas rekomendasi hasil pemeriksaan BPK. Perlunya upaya meminimalisir risiko atas kondisi tersebut karena urgensi perkuatan pengawasan BPK melalui revisi UU BPK, meningkatkan sinergitas antara Aparat Pengawasan Intern Pemerintah (APIP) dengan BPK, serta gagasan rancangan UU Sistem Pengawasan Intern Pemerintah. Oleh karena itu, perlu disepakati usulan perubahan UU Administrasi Pemerintahan untuk memasukkan fungsi BPK, mengatur ideal konstruksi penguatan APIP dalam RUU SPIP, serta mendorong optimalisasi koordinasi antara APIP dan BPK.