Wakaf produktif, khususnya di pesantren, menjadi instrumen potensial dalam penguatan kemandirian ekonomi. Indonesia memiliki ribuan pesantren yang tersebar di seluruh negeri. Potensi wakaf produktif di pesantren sangat besar, dengan banyak pesantren yang memiliki lahan, sarana, dan keahlian yang dapat digunakan untuk proyek-proyek produktif. Hal ini, menciptakan peluang untuk meningkatkan kemandirian ekonomi pesantren dan mengurangi tingkat kemiskinan di sekitarnya. Pondok Pesantren Trubus Iman di Kalimantan Timur merupakan contoh sukses dalam mengelola wakaf produktif. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui sistem pengelolaan wakaf produktif di Pondok Pesantren Trubus Iman dalam upaya memperkuat ekonomi pesantren dan menyediakan panduan serta wawasan yang dapat digunakan untuk meningkatkan pengelolaan aset wakaf produktif di pesantren lainnya. Penelitian ini merupakan jenis penelitian kualitatif yang dilakukan melalui metode observasi, wawancara, dan studi kasus. Teknik pengumpulan data melibatkan indepth interview dan studi dokumentasi. Analisis data dilakukan melalui kondensasi data, penyajian data, dan penarikan kesimpulan untuk memberikan gambaran yang komprehensif tentang sistem pengelolaan wakaf produktif di pesantren Trubus Iman. Hasil penelitian menunjukan bahwa sistem pengelolaan wakaf produktif di Pondok Pesantren Trubus Iman dilakukan melalui langkah hati-hati dan perencanaan yang matang, yang mencakup tiga tahapan utama, yaitu : fokus pada sektor pangan, penerapan pola bisnis hulu-hilir serta spesialisasi kepakaran sumber daya manusia (human capital). Kombinasi ketiga elemen ini menciptakan suatu sinergi yang menguatkan dan mendorong pertumbuhan ekonomi pesantren secara holistik. Penggabungan tiga hal krusial dalam pengelolaan wakaf produktif di Pondok Pesantren Trubus Iman secara signifikan berkontribusi pada pencapaian kemandirian ekonomi pesantren. Hal ini terlihat dalam berbagai aspek kemandirian antara lain: diversifikasi pendapatan, pengembangan usaha mandiri, pengelolaan keuangan yang efisien, infrastruktur dan fasilitas pendidikan yang memadai, jaringan kemitraan strategis, pendidikan kewirausahaan yang terintegrasi serta pemberdayaan masyarakat.