Hutan mangrove memiliki fungsi ekologi penting untuk suatu perairan. Fungsi mangrove pada tambak sebagai penyuplai unsur hara yang berkaitan denganproduktivitas tambak. Salah satu model pengelolaan tambak yang paling umum di Kalimantan Timur adalah sistem silvofishery. Konsep silvofishery ini merupakan model pengelolaan tambak yang berasosiasi dengan ekosistem mangrove sekitar 60-80% dari luasan tambak. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui indeks kelimpahan, indeks keanekaragaman, indeks keseragaman, indeks dominasi dan indeks saprobik plankton baik fitoplankton maupun zooplankton pada tambak silvofishery dan tambak non silvofishery. Penelitian ini menggunakan 2 model tambak, yaitu berupa tambak silvofishery dan tambak non silvofishery. Masing-masing tambak diambil sampel air untuk pengukuran plankton dan kualitas air (suhu, pH, DO, salinitas, amonia, fosfat, nitrat, dan kecerahan) setiap minggu selama 5 minggu. Sampel plankton diambil dari 3 stasiun yang terdiri dari 9 titik sampling setiap tambak, dan pengambilan dilakukan setiap minggu selama 5 minggu pengamatan. Indentifikasi plankton dilakukan hingga spesies. Hasil pengamatan menunjukkan terdapat 21 spesies dari 4 divisi fitoplankton, dan 16 spesies dari 5 divisi zooplankton dari kedua tambak. Tambak silvofishery memiliki kesuburan plankton dalam tingkat mesotrofik, keanekaragaman dalam tingkat sedang, keseragaman tinggi sedangkan non silvofishery termasuk tingkat oligotrofik, keanekaragaman dalam tingkat rendah, keseragaman sedang, pada perairan ini tidak memiliki spesies yang mendominasi dan termasuk ke dalam tingkat pencemar ringan/β-Mesosaprobik. Parameter kualitas air yang menunjukkan data berbeda berupa suhu, amonia, nitrat, dan kecerahan. Penelitian ini menunjukkan bahwa tambak silvofishery memiliki kelimpahan plankton lebih tinggi dan kualitas air lebih baik dibandingkan dengan tambak non silvofishery.