Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui proses pelaksanaan E-Learning madrasah dalam pembelajaran tematik pada masa pandemi Covid-19, serta untuk mengetahui faktor apa saja yang menjadi pendukung dan penghambat implementasi ELearning Madrasah dalam pembelajaran tematik pada masa pandemi Covid-19. Penelitian ini menggunakan jenis penelitian kualitatif, dengan pendekatan studi kasus. Tahapan-tahapan penelitian kualitatif ini yaitu: 1) Identifikasi masalah; 2) Penelusuran; 3) Maksud dan Tujuan Penelitian; 4) Pengumpulan Data; 5) Analisis Penafsiran; dan 6) Pelaporan. Teknik pengumpulan data dilakukan dengan menggunakan observasi, wawancara, dan dokumentasi. Instrumen yang digunakan yaitu: 1) Lembar observasi kepala madrasah, guru dan siswa, dan; 2) Lembar wawancara untuk kepala madrasah, guru, siswa, dan team IT madrasah. Hasil penelitian menunjukkan bahwa proses implementasi E-Learning Madrasah dalam pembelajaran tematik diawali oleh para guru dengan melakukan desain perencanaan pembelajaran terlebih dahulu (membuat kelas online, membuat perangkat pembelajaran, dan penyediaan bahan ajar). Dari segi pelaksanaan, guru dan siswa bisa melaksanakan pembelajaran dari pendahuluan, kegiatan inti, hingga penutup yang disampaikan melalui ELearning Madrasah. Setiap pengguna E-Learning Madrasah memiliki akun (username dan password) untuk masuk ke LMS (Learning Management System). Siswa juga dapat mengunduh bahan ajar, mengirim tugas dengan cara mengunggah hasil karya ke LMS. Selanjutnya dari segi evaluasi, guru bisa memberikan penugasan melalui E-Learning Madrasah. Kepala Madrasah maupun pengawas madrasah juga bisa melakukan monitoring dan penilaian kinerja guru secara online di E-Learning Madrasah. Adapun faktor pendukungnya yakni: 1) pihak madrasah menyediakan jaringan internet memudahkan guru ketika pembelajaran daring; 2) Adanya partisipasi orang tua dalam belajar bersama siswa, dan; 3) Partisipasi guru dalam menyediakan bahan ajar untuk siswa. Sedangkan faktor penghambatnya yakni: 1) Fasilitas yang kurang memadai; 2) Kurangnya keterampilan dalam menggunakan E-Learning Madrasah, dan; 3) Koneksi internet kurang memadai.