Indonesia merupakan negara megabiodiversity karena memiliki keanekaragaman hayati yang tinggi, salah satunya keragaman flora. Berdasarkan keragaman flora yang tersebar mengakibatkan adanya perbedan karakteristik dan keragaman jenis. Salah satu tanaman yang memiliki banyak jenis dan kerangaman yang sangat tinggi adalah cabai. Cabai termasuk tanaman hortikultura yang menyokong kebutuhan pangan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman jenis tanaman cabai, karakter morfologi dan hubungan kekerabatan tanaman cabai di Ibu Kota Nusantara, Kalimantan Timur. Pengambilan sampel dilakukan dengan menggunakan metode jelajah dengan teknik purposive sampling. Karakterisasi morfologi sampel berdasarkan pada IPGRI (Descriptors for Capsicum). Analisi clustur dilakukan untuk melihat hubungan kekerabatan yang terbentuk menggunakan software MVSP versi 3.1. Hasil penelitian ditemukan 27 aksesi tanaman cabai di Ibu Kota Nusantara. Karakterisasi morflogi menunjukkan 40 karakter yang dapat membedakan masing-masing aksesi cabai yaitu, bentuk helai daun, warna buah belum matang, warna buah sudah matang, warna mahkota bunga, bentuk biji dan warna biji. Analisis cluster membagi menjadi dua kelompok besar dengan koefisien 0,513-0,988 (51,3%-98,8%). Kelompok A terdiri dari 24 aksesi dan kelompok B terdiri dari 3 aksesi [A-19, A-18 dan A-1 (Capsicum annuum L.)]