Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) adalah penyakit menular yang telah menyebar ke seluruh provinsi di Indonesia, salah satunya adalah Kalimantan Timur. Penelitian ini membahas tentang estimasi angka reproduksi dasar seiring perubahan waktu (Rt) akibat adanya perubahan jumlah individu yang terinfeksi. Estimasi nilai Rt dilakukan menggunakan metode Extended Kalman Filter (EKF)
melalui model Susceptible-Infected-Recovered-Death (SIRD) yang didiskretisasi menggunakan metode Euler dengan penambahan variabel acak yang diasumsikan
berdistribusi normal dan tidak berkorelasi. Estimasi parameter pada model SIRD dilakukan berdasarkan data kasus penyebaran COVID-19 di Provinsi Kalimantan Timur. Hasil estimasi menunjukkan penurunan nilai Rt yang mendominasi dengan Rt < 1 yang merepresentasikan efektivitas PPKM level 4 dalam pengendalian penularan COVID-19. Evaluasi kinerja estimasi menunjukkan tingkat kesalahan yang rendah, dengan rata-rata nilai Relative Root Mean Square Error (RRMSE) sebesar 1, 19 × 10−5 dan rata-rata nilai Mean Absolute Percentage Error (MAPE) sebesar 0, 043%.