Keragaman genetik pisang Sunking atau yang biasa disebut pisang Talas adalah varietas tanaman lokal asal Kalimantan timur. Perbanyakan secara kultur jaringan tidak menutup kemungkinan terjadinya variasi somaklonal yang menyebabkan variasi atau keanekaragaman pada tanaman pisang Sunking hasil kultur jaringan. Pemanfaatan marka molekuler dapat digunakan sebagai salah satu cara untuk melihat adanya variasi atau keragaman genetik. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik pada variasi somaklonal dalam kultur jaringan tanaman pisang, persentase keragaman genetik, dan keefektifan marka inter simple sequence repeats (ISSR) dalam menganalisis keragaman genetik tanaman pisang Sunking.Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Bioteknologi Fakultas Pertanian Universitas Mulawarman, LaboratoriumReproduksi dan Pemuliaan Hewan Jurusan Peternakan, dan Laboratorium Pasca Panen dan Pengemasan Hasil Pertanian Jurusan Teknologi Hasil Pertanian, Fakultas Pertanian Universitas Mulawarman dari bulan Maret 2023 hingga Juli 2023. Prosedur penelitian dimulai dengan ekstraksi DNA, Amplifikasi DNA, dan Elektroforesis. Hasil yang diperoleh dilanjutkan dengan skoring, analisis Polymorphism Information Center (PIC), Effectife Multiplex Ratio (EMR), Marker Index (MI) dan analisis menggunakan MiniTab untuk membuat satuan dendogram.Hasil dari lima belas marka ISSR yang digunakan dalam menganalisis 20 pisang sunking terdapat beberapa tanaman yang mengalami mutasi atau keragaman genetik yaitu pada tanaman nomor 4, 7, 8, 9, 12, 17, dan 19 karena memiliki ukuran pola pita yang DNA yang cukup berbeda diantara tanaman lainnya. Berdasarkan karakteristik menggunakan marka ISSR, keragaman pisang dilihat dari tingkat kemiripan, kekerabatan 20 pisang Sunking dapat dibagi dalam III grup pada nilai koefisien 60% yang artinya memiliki kekerabatan yang tinggi, sedangkan tingkat keragaman molekuler 15 primer yang diuji sebesar 40%. Marka ISSR efektif dalam menganalisis keragaman genetik tanaman pisang Sunking, ditunjukkan dengan
nilai rata-rata persentase polimorfisme yaitu 74,73%, terdapat 3 primer dengan nilai PIC 0,5 dengan nilai rata-rata 0,38, nilai MI memiliki rata-rata 2,35 dengan nilai MI tertinggi ada pada primer UBC 811.Sebagai kesimpulan, penelitian ini mengamati dan menganalisa keragaman genetik tanaman pisang Sunking dan efektivitas penanda ISSR dalam analisis ini, sehingga memberikan wawasan berharga untuk penelitian lebih lanjut dan upaya konservasi