Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan efikasi diri akademik dengan kemampuan berpikir kritis pada mahasiswa baru dalam pembelajaran sains. Metode penelitian ini menggunakan pendekatan kuantitatif. Subjek penelitian ini adalah 125 mahasiswa baru dari Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam di Universitas Mulawarman yang dipilih menggunakan teknik simple random sampling. Metode pengumpulan data dilakukan dengan skala kemampuan berpikir kritis dan skala efikasi diri akademik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat hubungan yang signifikan antara efikasi diri akademik dengan kemampuan berpikir kritis pada mahasiswa baru dalam pembelajaran sains dengan nilai r hitung = 0.688 > r tabel = 0.176 dan nilai p = 0.000 (p < 0.05) yang menunjukkan bahwa ada hubungan dengan arah positif. Artinya semakin tinggi efikasi diri akademik, maka semakin tinggi kemampuan berpikir kritis, dan sebaliknya semakin rendah efikasi diri akademik maka semakin rendah kemampuan berpikir kritis pada mahasiswa baru dalam pembelajaran sains.