Kawasan Konservasi Mangrove dan Bekantan merupakan salah satu hutan konservasi di Tarakan yang di ketahui ketersediaan data mengenai stok karbon masih terbatas. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengestimasi stok karbon dari biomassa dan MHI di Kawasan ini serta menganalisis hubungan keduanya. Area penelitian terbagi menjadi 4 zona yakni berdasarkan klasifikasi area genus mangrove melalui analisis citra satelite sentinel 2A dengan mengaplikasikan algoritma random forest classification menggunakan google earth engine. Stok karbon biomassa pohon mangrove dihitung dengan persamaan alometrik dan MHI diiukur dengan menggunakan aplikasi monmang versi 2.0. Hasil penelitian menunjukkan jenis mangrove yang mendominasi dari tiap zona berdasarkan indeks nilai penting yakni zona avicennia didominasi oleh avicennia alba (158,97%), zona rhizophora didominasi oleh Rhizhophora apiculata (199,8%), zona bruguierra didominasi oleh bruguierra gymnorhiza (192,21%), dan zon ceriops didominasi oleh ceriops tagal (139,1%). Stok karbon rata-rata pada lokasi KKMB adalah senilai 291,5 MgC/ha dengan stok karbon tertinggi diperoleh dizona rhizophora sebesar 374 MgC/ha. MHI tertinggi diperoleh pada zona ceriops senilai 64,1% dan MHI terendah terdapat pada zona avicennia senilai 55,1% dengan kriterian kesehatan hutan mangrove sedang (moderate). Tidak terdapat hubungan signifikan antara MHI dengan stok karbon pada tegakan pohon mangrove (p>0,05).