Tanaman tomat merupakan komoditas yang mempunyai nilai ekonomi tinggi. Namun pada beberapa tahun terakhir produksi tomat menurun yang disebabkan oleh serangan penyakit layu fusarium yang disebabkan oleh jamur Fusarium sp. Oleh karena itu perlu dilakukan upaya pengendalian jamur untuk mengurangi serangan penyakit yaitu menggunakan pestisida nabati ekstrak daun mengkudu dan daun jeruk nipis. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efektivitas ekstrak daun mengkudu dan daun jeruk nipis konsentrasi 2% dalam mengendalikan penyakit layu fusarium pada tanaman tomat dan mengetahui perlakuan pestisida nabati yang paling efektif dalam mengendalikan penyakit layu fusarium pada tomat. Penelitian dilaksanakan di Lahan Fakultas Pertanian Universitas Mulawarman dari bulan April hingga September 2023. Penelitian menggunakan percobaan faktor tunggal dalam Rancangan Acak Lengkap (RAL) dengan 4 kali perlakuan dan 6 kali ulangan. Perlakuan terdiri atas perlakuan kontrol (P0), perlakuan ekstrak daun mengkudu 2% (P1), perlakuan ekstrak daun jeruk nipis 2% (P2) dan perlakuan daun mengkudu + daun jeruk nipis 2% (P3). Data yang diperoleh dianalisis dengan menggunakan sidik ragam dan apabila terdapat perbedaan nyata maka di uji lanjut menggunakan uji BNT pada taraf 5%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa konsentrasi ekstrak daun mengkudu dan daun jeruk nipis 2% efektif dalam mengendalikan penyakit layu fusarium pada tanaman tomat. Perlakuan pestisida nabati yang paling efektif dalam mengendalikan penyakit layu fusarium pada tanaman tomat yaitu perlakuan ekstrak daun mengkudu dan daun jeruk nipis konsentrasi 2% dengan rata-rata intensitas serangan penyakit pada minggu ke-12 sebesar 28,08%.