Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui, keragaman morfologi, kelimpahan, dominasi dan keragaman genetik, serta hubungan kekerabatan spesies-spesies Bactrocera spp. di Kota Samarinda, Kalimantan Timur. Penelitian dilaksanakan mulai Nopember hingga Maret 2023. Identifikasi morfologi di lakukan di Laboratorium Biologi BPSIP Kaltim dan Laboratorium Entomologi Stasiun Karantina Kelas 1 Samarinda. Identifikasi molekuler dilakukan di Laboratorium PT. Genetika Science, Jakarta. Hasil penelitian ditemukan 6 spesies Bactrocera spp. yaitu B. dorsalis, B. carambolae, B. umbrosa, B. albistrigata, B. cucurbitae dan B. caudata. Keragaman spesies, Shanon Wiener (H’) di dapatkan nilai H’: 1,423 keragaman spesies sedang, nilai indeks dominasi (D) menunjukkan spesies lalat buah dominan adalah B. carambolae dan B. dorsalis. Analisis genomik melalui amplifikasi gen MT-COI pada keenam spesies lalat buah menunjukkan adanya variasi sekuens. Hasil aligment sekuens gen MT-COI menunjukkan panjang sekuens B. dorsalis dan Bactrocera umbrosa paling pendek yaitu 682 bp. B. cucurbitae paling panjang yaitu 687 bp. Jarak genetik keenam spesies lalat buah menunjukkan B. cucurbitae dengan B. caudata dan B. dorsalis dengan B. umbrosa paling rendah yaitu sebesar 0,131. Jarak genetik yang paling tinggi yaitu B. dorsalis dengan B. carambolae sebesar 5,179. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik 6 aksesi yang didapat memiliki kemiripan dengan aksesi-aksesi lalat buah yang ada di Bank Gen.