Penelitian ini dilatar belakangi oleh permasalahan dalam pembelajaran, yaitu guru masih menggunakan media pembelajaran yang monoton sehingga menyebabkan rendahnya kemampuan berpikir kritis dan hasil belajar kognitif siswa. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah ada pengaruh dari penggunaan vidio animasi Hataraku Saibou sebagai media pembelajaran biologi terhadap kemampuan berpikir kritis dan hasil belajar siswa. Metode penelitian yang digunakan yaitu quasi eksperimen. Hasil analisis untuk kemampuan berpikir kritis siswa menunjukkan pada kelas eksperimen memiliki nilai rata-rata 77,65 dan 63,46 kelas kontrol. Hasil analisis hasil belajar kognitif siswa menunjukkan jika pada kelas eksperimen memiliki rata-rata 75,00 dan 63,18 kelas kontrol. Hal tersebut menunjukkan adanya pengaruh yaitu rata-rata kelas eksperimen jauh lebih besar jika dibandingkan dengan kelas kontrol. Berdasarkan uji hipotesis di dapatkan nilai sig (2-tailed) 0,000 < 0,05 yang berarti terdapat pengaruh penggunaan vidio animasi Hataraku Saibou sebagai media pembelajaran biologi terhadap kemampuan berpikir kritis dan hasil belajar kognitif siswa pada materi sistem kekebalan tubuh kelas XI IPA Sekolah Menengah Atas Negeri 2 Penajam Paser Utara.