INDRI SANDI ROMADHANI. Analisis Toleransi Tanaman Padi (Oryza sativa L) Lokal Kalimantan Timur Terhadap Cekaman Aluminium Melalui Amplifikasi Gen Terpaut Toleransi Aluminium. Fakultas Pertanian, Universitas Mulawarman, 2023. (dibawah bimbingan Nurhasanah dan Widi Sunaryo). Cekaman aluminium menjadi pembatas dalam peningkatan produksi tanaman padi. Varietas padi tertentu memiliki kemampuan genetik untuk toleran terhadap cekaman aluminium. Seleksi genotipe berbasis marka molekuler dilakukan dengan mendeteksi keberadaan gen-gen yang bertanggung jawab untuk sifat toleransi tanaman padi terhadap aluminium. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan primer yang efektif untuk menyeleksi genotipe padi lokal yang toleran cekaman aluminium serta mendapatkan kultivar padi lokal Kalimantan Timur yang toleran terhadap cekaman aluminium berdasarkan keberadaan gen yang bertanggung jawab terhadap sifat toleransi aluminium. Penelitian ini dilaksanakan mulai dari Februari hingga Mei 2023 di Laboratorium Bioteknologi, Fakultas Pertanian, Universitas Mulawarman, Samarinda. Bahan yang digunakan terdiri atas 21 kultivar padia lokal Kalimantan Timur dan varietas padi unggul nasional Mekongga dan IR64. Tahapan penelitian terdiri dari persiapan sampel, ekstraksi Deoxyribo Nucleic Acid (DNA), uji kualitas DNA melalui elektroforesis, amplifikasi DNA menggunakan primer RM257, RM205, dan Art1, serta analisis hasil amplifikasi dengan mengamati keberadaan pita DNA spesifik untuk toleransi terhadap cekaman aluminium. Hasil penelitian ini menunjukkan amplifikasi DNA berhasil dilakukan menggunakan ketiga primer yang ditunjukkan dengan adanya pita DNA pada visualisasi melalui elektroforesis. Primer yang paling efektif dalam menyeleksi toleransi tanaman padi lokal Kalimantan Timur terhadap cekaman aluminium adalah primer RM257 dan RM205. Primer tersebut dapat mengelompokkan antara varietas toleran dan sensitif cekaman aluminium. Kultivar padi lokal Kalimantan Timur yang toleran terhadap cekaman aluminium berdasarkan keberadaan gen toleransi aluminium adalah Jala Mengo, Mayas, Kawit, Awang, Ritam, dan Bogor Putih. Primer Art1 dapat menyeleksi varietas yang toleran aluminium namun diperlukan prosedur lanjutan yaitu sekuensing DNA untuk mengamati perbedaan susunan nukleotida.