Penelitian ini bertujuan untuk mengestimasi biomassa lamun dan simpanan karbon dalam biomassa lamun tersebut di Pulau Selangan, Bontang. Pengambilan biomassa setiap jenis lamun dilakukan pada 3 transek yang masing-masing transek berisi 4 plot. Karbon organik biomassa lamun dianalisis di laboratorium menggunakan metode loss on ignition (LOI). Pada lokasi penelitian terdapat tiga jenis lamun yang ditemukan yaitu Enhalus acoroides, Thalassia hemprichii dan Halophila ovalis, dengan nilai rata-rata kerapatan tertinggi pada spesies Halophila ovalis sebesar 208,38 Tegakan/m2 . Nilai total rata-rata biomassa lamun per spesies berkisar antara 0,03-9,5 Mg/ha, Enhalus acoroides memiliki nilai biomassa tertinggi sebesar 9,5 Mg/ha dan nilai biomassa terendah terdapat pada spesies Halophila ovalis sebesar 0,03 Mg/ha. Pada semua transek di bagian Above ground (AGB), species Thalassia hemprichii dan Halophila ovalis memiliki kandungan karbon yang sama yaitu 33,6 %, sedangkan pada spesies Enhalus acoroides hanya sebesar 30,8 %. Sementara itu, pada bagian Below ground (BGB), nilai kandungan karbon tertinggi ditemukan di Transek 1 pada spesies Enhalus acoroides dengan nilai 32,8 % dan spesies Thalassia hemprichii 29,7 % di semua transeknya. Nilai total rata-rata stok karbon tertinggi ditemukan pada Transek 3 sebesar 3,24 MgC/ha dan yang terendah pada Transek 2 sebesar 2,23 MgC/ha. Nilai rata-rata total stok karbon pada lamun di ketiga transek sebesar 1,29 MgC/ha dengan stok karbon tertinggi ditemukan pada spesies Enhalus acoroides. Hal ini diduga bahwa pada lokasi penelitian, stok karbon dipengaruhi oleh morfometrik lamun. Uji regresi linier sederhana menunjukkan bahwa terdapat hubungan yang lemah antara kerapatan lamun dengan stok karbon organik (nilai koefisien korelasi (r) yaitu 0,43).