Muara Berau merupakan salah satu wilayah perairan di Delta Mahakam. Daerah Muara ini adalah daerah pertemuan air tawar dari sungai yang berlumpur, warna air kecoklatan, salinitas yang bervariasi dan mendapat pasokan nutrien dari wilayah sekitarnya. Salah satu organisme yang hidup di perairan ini adalah plankton. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kelimpahan plankton permukaan dan mengetahui hubungan dengan parameter kualitas perairan di Muara Berau kabupaten Kutai Kartanegara. Metode yang digunakan di penelitian ini adalah metode deskriptif kuantitatif. Sampel air diambil untuk menganalisis plankton menggunakan plankton net dan kualitas air diukur secara langsung pada lokasi penelitian di 20 titik lokasi yang berbeda. Identifikasi plankton dilakukan di laboratorium dengan menggunakan mikroskop dan glass object dengan tingkat perbesaran yang berbeda. Berdasarkan hasil analisis, ditemukan 49 spesies plankton yang terbagi menjadi 2 kelas fitoplankton yaitu Bacillariophyceae, dan Dinophyceae dengan kelimpahan fitoplankton tertinggi pada titik 6 (38.016 ind/l). Kelas zooplankton diperoleh 3 kelas yaitu Copepoda,Crustaceae dan Ciliata dengan kelimpahan zooplankton terbanyak pada titik 6 (3.504 ind/l). ). Indeks keanekaragaman fitoplankton dan zooplankton sedang, keseragaman fitoplankton sedang dan zooplankton termasuk kategori tinggi. Tidak ada spesies fitoplankton dan zooplankton yang mendominasi perairan. Indeks kekayaan untuk fitoplankton termasuk kategori sedang dan untuk zooplankton termasuk kategori rendah. Secara umum, parameter kualitas perairan Muara Berau masih tergolong normal dan mendukung kehidupan plankton di perairan. Parameter kualitas air di Muara Berau berpengaruh secara signifikan (p0,05) antara kelimpahan plankton (fitoplankton dan zooplakton) di lokasi yang berdekatan maupun berjauhan dari Muara Berau.