Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui sejauh mana permasalahan dalam penerapan ketentuan peradilan koneksitas, bahwa dalam prakteknya aturan mengenai peradilan koneksitas sering diabaikan. Adapun permasalahan yang dibahas dalam penelitian ini adalah: 1). Bagaimana penerapan peradilan koneksitas dalam perkara tindak pidana yang dilakukan warga sipil bersama oknum tni, 2). Apa hambatan dalam penerapan peradilan koneksitas dalam perkara tindak pidana yang dilakukan warga sipil bersama oknum tni. Pada penelitian ini, pendekatan yang digunakan adalah pendekatan empiris yang didasarkan adanya suatu ketidakpastian hukum dalam penerapan sistem pada peradilan koneksitas dan kondisi faktual yang terjadi di Pengadilan Militer 1- 07 Balikpapan yaitu mengenai tindak pidana yang dilakukan warga sipil bersama oknum tni, permasalahan yang diteliti berkisar pada peraturan perundangundangan serta data untuk menunjang hubungan antara penerapan sistem dan fakta tersebut. Sumber bahan hukum yang digunakan yaitu bahan hukum primer dan sekunder. Hasil penelitian menunjukan penerapan peradilan koneksitas dalam perkara tindak pidana yang dilakukan warga sipil bersama oknum tni, dalam prakteknya yang terjadi dilapangan belum pernah diterapkan, disebabkan penyelesaiannya yang diserahkan langsung pada masing-masing lingkungan peradilan yang berbeda tanpa melalui prosedur koneksitas. Adapun yang menjadi dasar hambatan dalam penerapan peradilan koneksitas yaitu masih belum terbentuknya tim tetap dalam menyelesaikan perkara koneksitas, sehingga dalam penyelesaianya menjadi rumit untuk diselesaikan menggunakan mekanisme koneksitas.