Penyakit bakteri sering menjadi masalah dalam budidaya ikan air tawar termasuk ikan nila. Ikan ini sering terinfeksi bakteri A. hydrophila dan Pseudomonas sp. Tujuan dari penelitian ini untuk mengkaji kelimpahan bakteri, bakteri A. hydrophila dan Pseudomonas sp yang berasal dari isolat air, insang dan flok dengan menggunakan metode Total Plate Count serta ingin mengamati kualitas air pada budidaya sistem bioflok dan kepadatan floknya. Penelitian ini menggunakan 4 perlakuan dan 3 ulangan. Perlakuan yang diberikan yaitu dengan menambahkan gula aren untuk meningkatkan C/N rasio. Perlakuan terdiri dari 2.73 mL/g, 3.41 mL/g, 4.10 mL/g pakan serta kontrol tanpa pemberian gula aren. Bakteri diisolasi dari air, insang dan flok dan diinokulasikan pada media Plate Count Agar (PCA) danGlutamate Strach Phenol(GSP). Hasil penelitian menunjukkan kelimpahan bakteri di akhir penelitian pada air, flok dan insang ikan bervariasi berkisar 228-473.2x106 CFU/mL. Kandungan bakteri A. hydrophila cenderung sama, danbakteri Pseudomonas sp. pada kontrol cenderung meningkat.Kepadatan flok masih dalam kisaran aman dan kualitas air selama penelitian berada dalam kisaran yang baik untuk budidaya ikan.