Saat ini banyak varietas ikan nila (O. niloticus) yang dipelihara oleh pembudidaya ikan di Indonesia, seperti: nila merah, nila putih, nila hitam dan hasil persilangan lainnya. Varietas ini telah dikembangkan secara selektif atau alami yang menunjukkan berbagai warna, tingkat pertumbuhan dan sifat lain yang diinginkan. Banyaknya keragaman fenotipe berupa varietas pada ikan nila membuka peluang untuk dimanfaatkan dalam program pemuliaan dan budidaya. Namun, pemanfaatan keragaman fenotip untuk tujuan pemuliaan dan budidaya membutuhkan pengenalan karakter dari varietas tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis karakter truss morfometrik dan meristik, memvalidasi dan
mengetahui varietas ikan nila yang memiliki karakter paling berbeda dari pembudidaya ikan di Kota Samarinda. Karakterisasi morfologi dilakukan menggunakan metode truss morfometrik dilanjutkan dengan analisis komponen utama dan analisis pengelompokan. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa karakter morfometrik pembeda pada varietas ikan nila dari pembudidaya ikan di Kota Samarinda dipengaruhi oleh karakter kuat B3 (jarak awal jari-jari lemah sirip dorsal hingga awal sirip anal), B1 (jarak awal sirip ventral hingga awal sirip anal) dan D5 (jarak awal sirip kaudal atas hingga akhir sirip anal). Varietas ikan nila yang divalidasi terdiri dari lima varietas yaitu: nila putih, nila larasati, nila merah, nila kekar, dan nila hitam. Varietas ikan nila yang memiliki karakter paling berbeda ditemukan pada varietas nila hitam dan nila kekar.