Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis dua hal, yang pertama untuk mengetahui Kebijakan Alih Fungsi Hutan Berdasarkan Perlindungan Hak Masyarakat Hukum Adat. Kedua, penelitian ini merumuskan Formulasi Perlindungan Hukum Terhadap Hak Masyarakat Hukum Adat terkait dengan Alih Fungsi Hutan. Metode penelitian yang digunakan ialah metode penelitian hukum normatif. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa Kebijakan alih fungsi hutan terhadap perlindungan hak Masyarakat Hukum Adat (MHA) Kalimantan Timur belum mampu menyelesaikan Persoalan yang terjadi pada MHA Kaltim. Diantara MHA yang masih menyisakan konflik dan permasalahan dilapangan yaitu:1) Masyarakat Hukum Adat Desa Muara Tae; 2) Masyarakat Hukum Adat Tabang; 3) Masyarakat Hukum Adat Paser; 4) Masyarakat Hukum Adat Tidak Mendapatkan Kepastian Hukum Di Pengadilan. Adapun permasalahan hak MHA Kaltim tersebut, diantaranya: 1) ketiadaan batas-batas wilayah adat dan security of tenure. 2) Kebijakan pembangunan bias pertumbuhan ekonomi. 3) Penyederhanaan MHA sebatas administrasi atau legalitas semata. 4) Kekosongan lembaga penyelesaian konflik agraria yang memiliki oritas menyelasikan konflik agraria secara adil, sehingga masyarakat hukum adat dilapangan belum sepenuhnya mendapat perlindungan. Adapun formulasi perlindungan hukum terhadap hak masyarakat hukum adat terkait dengan alih fungsi hutan dapat melalui: Pertama, membentuk lembaga independen di bawah Presiden yang menangani permasalahan, konflik, pengakuan, perlindungan dan pemajuan hak-hak MHA. Kedua, Integrasi Regulasi antar Kementerian dilakukan dengan meninjau ulang dan harmonisasi seluruh peraturan dan kebijakan MHA. Ketiga, Kepolisian Republik Indonesia dengan Menetapkan Peraturan Kepala Polri tentang pedoman penanganan sengketa dan konflik antara MHA. Keempat, Pemerintah dan DPRD Provinsi/Kabupaten dengan melakukan kajian mendalam tentang keberadaan MHA dan wilayah adat mereka, mengkaji ulang semua izin-izin yang sudah diterbitkan terkait pengelolaan kehutanan, pertambangan, perkebunan, dan lainnya yang diberikan kepada korporasi. Pengaturan hukum semestinya tidak dalam upaya melemahkan/“menyingkirkan” keberadaan MHA, namun diharapkan dapat dicari titik-titik persamaan yang ada sehingga sejalan dalam pelaksanaannya, dan memberikan perlindungan terhadap MHA.