Bee pollen merupakan hasil samping produk lebah berupa campuran serbuk sari dengan enzim pencernaan lebah. Saat ini pemanfaatan bee pollen lebah kelulut di Kutai Kartanegara masih terbatas. Tujuan penelitian ini mengidentifikasi metabolit sekunder, menganalisis potensi antimikroba serta menentukan perbandingan potensi ekstrak dan fraksi bee pollen lebah kelulut (Heterotrigona itama) terhadap kontrol positif. Metode ekstraksi dilakukan dengan maserasi etanol 70%. Dilanjutkan dengan fraksinasi cair-cair bertingkat menggunakan pelarut n-heksan dan etil asetat. Ekstrak dan fraksi diuji antimikroba menggunakan metode difusi agar sumuran untuk mengetahui diameter zona hambat yang terbentuk. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa senyawa dominan yang teridentifikasi pada ekstrak dan fraksi bee pollen adalah flavonoid dan tannin. Ekstrak etanol 70%, fraksi etil asetat, dan fraksi n-heksan memiliki kemampuan menghambat kategori lemah hingga sangat kuat terhadap pertumbuhan mikroba Streptococcus mutans, Shigella dysentriae dan Candida albicans dengan fraksi etil asetat sebagai fraksi terbaik. Perbandingan ekstrak dan fraksi bee pollen lebah kelulut terhadap klindamisin dan ciprofloxacin berbanding jauh lebih kecil, namun pada ketoconazole berbanding 1-2 kali lebih tinggi ekstrak dan fraksi bee pollen