Ciplukan (Physalis angulata L.) merupakan tanaman obat yang mempunyai manfaat sebagai antioksidan, antibakteri, antimalaria, antiviral, antidiabetes, dan antiinflamasi, Penelitian ini dilakukan untuk mendapatkan waktu yang optimum dalam memproduksi senyawa metabolit sekunder, mengetahui kandungan senyawa metabolit sekunder dalam ekstrak bakteri endofit daun ciplukan menentukan aktivitas inhibisi protease dan aktivitas inhibisi amilase ekstrak bakteri endofit daun ciplukan. Uji inhibisi amilase menggunakan metode DNS dan uji inhibisi protease menggunakan metode ninhidrin. Waktu optimum bakteri endofit dalam memproduksi senyawa metabolit sekunder adalah 72 jam. Bakteri-bakteri endofit positif mengandung flavonoid, saponin, triterpenoid, alkaloid dan fenolik. Nilai inhibisi amilase 26 ekstrak kasar bakteri endofit daun ciplukan berkisar 40,86-60,93%. Nilai inhibisi protease 26 ekstrak kasar bakteri endofit daun ciplukan berkisar 18,30-84,74%.