Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi DNA dan mengamplifikasi gen 16S rRNA dari bakteri air bekas galian tambang Padat Karya Sempaja Utara Samarinda. DNA diisolasi dengan menggunakan metode Zhou yang dimodifikasi dan EcoSpin Bacterial Genomic DNA Kit. Gen 16S rRNA diamplifikasi dengan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Kualitas DNA ditentukan dengan mengamati pendar menggunakan elektroforesis gel agarosa dan divisualisasi di bawah sinar UV. DNA hasil isolasi dengan metode Zhou yang dimodifikasi memiliki memiliki intensitas yang tinggi, namun tidak dapat bermigrasi pada gel agarosa. Sedangkan DNA hasil isolasi dengan metode EcoSpin Bacterial Genomic DNA Kit cukup murni dengan ukuran ≥ 10.000 bp. Gen 16S rRNA berhasil teramplifikasi menggunakan primer 27 F dan 1492R yang berukuran sekitar 1500 bp.