Padi merupakan salah satu tanaman terpenting untuk kelangsungan hidup manusia karena padi merupakan salah satu makanan pokok sebagian besar masyarakat Indonesia termasuk Kalimantan Timur. Di Provinsi Kalimantan Timur padi lokal memiliki kontribusi cukup besar dalam pemenuhan konsumsi beras salah satunya adalah kultivar padi hitam. Hal ini dikarenakan sering terjadinya gagal panen yang diakibatkan oleh serangan hama dan faktor lingkungan. Keterbatasan sumber daya manusia yang memiliki keahlian dan pengetahuan untuk mendiagnosis hama pada tanaman padi hitam terkadang menjadi kendala. Oleh karena itu, diperlukan sebuah sistem pakar yang menjadi salah satu pemecahan masalah di bidang pertanian. Salah satunya digunakan dalam mendiagnosis hama dan penyakit tanaman. Metode yang digunakan adalah naive bayes. Naive bayes merupakan metode pengklasifikasian berdasarkan probabilitas sederhana, sehingga metode naive bayes memungkinkan seseorang aman dalam melakukan pekerjaan seorang pakar, sekaligus dapat mengetahui persentase dari hama yang mungkin dialami. Pada penelitian ini terdapat 11 jenis hama yang menyerang tanaman padi hitam dan 34 gejala yang disebabkan oleh serangan hama tersebut. Berdasarkan data yang digunakan diperoleh nilai akurasi sebesar (80%) sehingga dapat disimpulkan bahwa sistem yang dibangun berjalan dengan cukup baik.