Penelitian ini dilaksanakan pada bulan November 2022 di Perairan Teluk Kota Balikpapan Kalimantan Timur. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik dan kelimpahan jenis plankton pada padang lamun di Perairan Teluk Kota Balikpapan. Hasil penelitian ditemukan 3 kelas dari fitoplankton yaitu Bacillariophyceae, Dinophyceae, dan Cynophyceae, sedangkan pada 3 kelas zooplankton yaitu Heksanauplia, Maxillopeda, dan Oligotrichea. Keanekaragaman plankton termasuk dalam kategori sedang dengan nilai Indeks keseragaman termasuk kategori komunitas labil, dan tidak ada spesies yang mendominasi suatu komunitas. Hasil analisis menggunakan Correspondence Analysis (CA) terhadap sebaran plankton 3 zonasi penelitian Sebelum Padang Lamun, Padang Lamun, dan Setelah Padang Lamun diperoleh nilai, yaitu sumbu I (D1) sebesar 57,51% dan sumbu II (D2) sebesar 42,49%. Jenis seberan spesies plankton yaitu Pleurosigma sp., Skeletonema costatum, Eucampia sp., Bacillaria sp., Amphora sp., Melosira borreri, Nitzschia sp., Thalassiaonema sp., Chaetoceros, Condolenopsis parva, Diploneis sp., Campylodiscus sp., Coscinodiscus, Rhizosolenia sp., Thalassiothrix., Propocentrum, Perdium sp., Triposolenia sp., Ceratium furca, Acartia clausi, Acartia amori, Eurythemora pacifica, Tigriopus japonicas, Microstella rosea, Tintinopsis cylindrical, Tintinnopsis radix, Tintinnopsis lobiancoi, Tintinopsis aperta, Tintinnopsis compressa