Lamun merupakan tumbuhan berbunga yang hidup di perairan dangkal dan membentuk suatu komunitas ekologi yang menjadi tempat interaksi biotik dan abiotik. Struktur komunitas fitoplankton terdiri atas susunan individu dari berbagai jenis dan spesies yang terorganisasi membentuk suatu komunitas. Fitoplankton merupakan organisme autotrof dan produsen primer dalam rantai makanan di laut. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui kelimpahan fitoplankton, nilai keseragaman dan nilai dominansi. Pengukuran parameter kualitas air dilakukan di Laboratorium Kualitas Air Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Mulawarman pada bulan November hingga Desember. Penentuan lokasi penelitian menggunakan metode pertimbangan (purposive sampling method). Metode sedgewick-Rafter untuk tahap identifikasi data di analisis dengan menghuting kelimpahan fitoplankton, indeks keanekaragaman, indeks keseragaman dan indeks dominansi, selanjutnya data dianalisis menggunakan Microsoft Excel. Kelimpahan fitoplankton berkisar antara 2772 - 1575 individu/L. Sedangkan nilai indeks keanekaragaman berkisar antara 2,79 - 2,57, nilai indeks keseragaman berkisar antara 0,74 - 0,80 dan nilai indeks dominansi berkisar antara 0,10 - 0,11.