Perifiton merupakan hewan atau tumbuhan yang hidup di bawah permukaan air, yang melekat pada batu, ranting, tanah atau substrat lainya. Perifiton yang digolongkan ke dalam kelompok hewan umumnya terdiri dari protozoa dan rotifera,sedangkan perifiton yang digolongkan ke dalam tumbuhan terdiri dari mikroalga. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui struktur lamun dan peranan komunitas Perifiton. Pengukuran parameter kualitas air dilakukan di Laboratorium Kualitas Air Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan sedangkan penelitian substrat dilakukan di Laboratorium Tanah Fakultas Pertanian. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan November hingga Maret 2023 dengan menggunakan metode transek kuadrat sedangkan penentuan stasiun dan titik pengamatan menggunakan metode purposive sampling. Lokasi pengamatan ditentukan berdasarkan kepadatan lamun dan menggunakan metode transek dengan kuadran 50×50 cm. data dianalisis dengan menghitung Stuktur Komunitas Perifiton. Kelimpahan perifiton di Perairan Teluk Kota Balikpapan Kalimantan Timur terdiri dari tujuh kelas yaitu Bacillariophyceae, Ulvophyceae, Mediophyceae, Copepoda, Gastropoda,
Diplopoda, Dinophyceae. sedangkan kelimpahan tertinggi berada pada stasiun 3 sebesar 36,1667. Tingginya kelimpahan Perifiton pada stasiun 3 disebabkan oleh substrat berpasir dan parameter kualitas air yang baik. Berdasarkan nilai Indeks Keanekaragaman menunjukkan status Indeks rendah, Nilai Indeks Keseragaman menunjukkan stastus Indeks rendah, Nilai Indeks Dominansi menunjukkan bahwa stastus Indeks rendah.