Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui kerapatan lamun dan struktur komunitas makrozoobentos. Pengukuran parameter kualitas air dilakukan di Laboratorium Kualitas Air Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan sedangkan penelitian substrat dilakukan di Laboratorium Tanah Fakultas Pertanian. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan November hingga Desember 2022 dengan menggunakan metode transek kuadrat sedangkan penentuan stasiun dan titik pengamatan menggunakan metode purposive sampling. Lokasi pengamatan ditentukan berdasarkan kepadatan lamun dan menggunakan metode transek dengan kuadran 50×50 cm2 . data dianalisis dengan menghitung kerapatan, kelimpahan, indeks keanekaragaman, indeks keseragaman dan indeks dominansi, selanjutnya data dianalisis menggunakan Microsoft Excel. Makrozoobentos yang ditemukan di Perairan Teluk Balikpapan terdiri dari tiga kelas yaitu gastropoda, bivalvia dan Echinodermata. Spesies lamun yang ditemukan di perairan Teluk Balikpapan terdiri dari vegetasi tunggal yaitu E. acoroides. Makrozoobentos yang teridentifikasi terdiri dari 3 kelas yaitu Gastropoda, Bivalvia dan Echinodermata. Hubungan kerapatan lamun dengan kelimpahan makrozoobentos berdasarkan uji korelasi menunjukkan nilai korelasi -0.4936, artinya hubungan kerapatan lamun dan kelimpahan makrozoobentos tergolong sedang dengan arah berlawanan dimana semakin tinggi kerapatan lamun maka semakin rendah kelimpahan makrozoobentos.