Kersen (Muntingia calabura) merupakan Jamaican cherry dimana tanaman ini sudah tersebar luas di Indonesia dan dapat dimanfaatkan sebagai obat herbal. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kandungan metabolit sekunder dan toksisitas ekstrak etanol, fraksi n-heksan, fraksi etil asetat dan fraksi butanol buah kersen agar pemanfaatanya sebagai pengobatan alternatif menjadi lebih maksimal. Pengujian dilakukan melalui beberapa tahapan diantaranya ekstraksi dengan metode maserasi menggunakan pelarut etanol 70%, fraksinasi dengan metode fraksinasi cair-cair menggunakan pelarut n-heksan, etil asetat, dan butanol, uji skrining fitokimia dengan menggunakan reagen dan uji toksisitas dengan menggunakan metode Brine Shrimp Lethality Test (BSLT) dilakukan dengan memvariasikan konsentrasi ekstrak yaitu dengan konsentrasi 4 ppm, 40 ppm, 80 ppm, 200 ppm dan 400 ppm. Hasil penelitian uji fitokimia menunjukan bahwa ekstrak etanol buah kersen mengandung senyawa metabolit sekunder berupa flavonoid, tanin dan triterpenoid. Hasil uji toksisitas buah kersen ditunjukkan dengan nilai LC50 ekstrak etanol adalah 415,91 ppm, fraksi n-heksan adalah 1541,70 ppm, fraksi etil asetat adalah 966,05 ppm, dan fraksi butanol adalah 45,60 ppm. Berdasarkan LC501000 ppm maka fraksi nheksan tidak bersifat toksik.