Kemampuan ekosistem lamun dalam menyerap dan menyimpan karbon penting untuk dikaji karena dibutuhkan dalam penyusunan kebijakan mitigasi perubahan iklim nasional. Informasi mengenai stok karbon padang lamun di Indonesia masih sedikit, khususnya di Kalimantan Timur. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui estimasi stok karbon pada sedimen di padang lamun Perairan Pulau Selangan, Bontang, Kalimantan Timur. Pengambilan sampel sedimen dilakukan pada bulan September 2021 dengan menggunakan pipa PVC berdiameter 7 cm. Kedalaman sedimen yang terambil sebesar 65 cm. Konsentrasi karbon organik diukur menggunakan metode loss on ignition (LOI) yang dilakukan dilaboratorium Botani Pusat Riset Oseanografi BRIN. Berdasarkan visualisasi lamun di lapangan terdapat 2 jenis lamun yaitu Thalassia hemprichii dan Enhalus acoroides. Hasil penelitian menunjukkan konsentasi kandungan karbon organik pada lokasi penelitian berkisar 1,70-4,90% dengan nilai rata-rata sebesar 2,72±0,20%. Estimasi stok karbon sedimen lamun yang terdapat pada lokasi penelitian berkisar 9,22-28,98 MgC/ha, dengan total estimasi stok karbon sebesar 210,94 MgC/ha. Stok karbon pada sedimen lamun diduga dipengaruhi oleh konsentrasi kandungan karbon organik pada sedimen dan kondisi lingkungan. Tingginya konsentrasi karbon organik di Stasiun 1 dan Stasiun 2 diduga dipengaruhi oleh keberadaan vegetasi mangrove yang hidup dekat dengan lokasi tersebut. Sedangkan Stasiun 3 yang berbatasan langsung dengan laut diduga mengalami penurunan akumulasi karbon yang diduga diakibatkan oleh gelombang yang mengaduk material sedimen dan terbawa oleh arus pasang surut.