Peraturan Pemerintah Nomor 5 Tahun 2021 tentang Penyelenggaraan Perizinan Berusaha Berbasis Risiko, mengatur perizinan berusaha melalui pendekatan berbasis tingkat risiko. Namun peraturan pemerintah tersebut secara subtantif telah memberikan konsekuesi terhadap otonomi daerah yang menggeser desentralisasi kembali ke resentralisasi. Penelitian ini menggunakan pendekatan doktrinal untuk menjawab dua hal yaitu Pertama, guna mengidentifikasi dan menganalisis mekanisme perkecualian kewenangan pemerintah daerah dalam penerbitan perizinan usaha dalam kawasan ekonomi khusus. Kedua, untuk mengetahui apakah perkecualian kewenangan pemerintah daerah tersebut telah sejalan dengan desentralisasi. Berdasarkan hasil penelitian diketahui: (1) Perkecualian kewenangan pemerintah daerah dalam penerbitan perizinan berusaha berbasis risiko dalam kawasan ekonomi khusus dilakukan apabila dalam kegiatan usaha di kawasan ekonomi khusus tersebut terdapat unsur dana dari penanaman modal asing atau modal asing dari kerjasama pemerintah pusat dengan pemerintah negara lain; (2) Perubahan kewenangan tersebut dilakukan untuk mempermudah dan mempercepat proses perizinan berusaha agar dapat meningkatkan iklim investasi, namun perkecualian ini berdampak terhadap berkurangnya kewenangan pemerintah daerah sehingga hak otonomi daerahnya berkurang.