Pusat Kesehatan Masyarakat (Puskesmas) merupakan ujung tombak pelayanan kesehatan bagi masyarakat karena cukup efektif membantu masyarakat dalam memberikan pertolongan pertama dengan standar pelayanan kesehatan. Banyaknya jumlah Puskesmas tidak membuat masyarakat lebih memilih pelayanan kesehatan di Puskesmas karena dianggap sarana dan prasarana yang dimiliki kurang layak terutama dari segi SDM/tenaga kesehatannya. Penelitian ini bertujuan untuk mengklasterisasikan Puskesmas di Provinsi Kalimatan Timur dengan menggunakan algoritma K-Modes serta untuk mengetahui jumlah cluster terbaik menggunakan metode Davies Bouldin Index. Penelitian ini menggunakan 187 data Puskesmas berdasarkan dalam Buku Data Dasar Puskesmas Tahun 2020 Kalimantan Timur. Variabel yang digunakan sebanyak 13 variabel berdasarkan aspek karakteristik wilayah kerja dan aspek kriteria penyelenggaraan sesuai dengan Peraturan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor 75 Tahun 2014. Penelitian ini melakukan 3 proses pengklasteran yaitu 2 cluster, 3 cluster, dan 4 cluster. Hasil perhitungan dengan menggunakan metode K-Modes dan pengujian menggunakan Davies Bouldin Index menghasilkan jumlah cluster terbaik yaitu 4 cluster dengan cluster 1 sebanyak 104 data Puskesmas, cluster 2 sebanyak 44 data Puskesmas, cluster 3 sebanyak 22 data Puskesmas, cluster 4 sebanyak 17 data Puskesmas dan nilai DBI terkecil yaitu 39,08717899 yang mengindikasikan bahwa metode ini cukup baik untuk mengklasterkan puskesmas di Kalimantan Timur.